Pas tërheqjes së nazistëve nga Ballkani në fund të Luftës së Dytë Botërore, Kosova u riinkorporua në Serbi. Gjatë luftës në Kosovë ekzistonin dy tendenca politike në mesin e shqiptarëve. Njëra ishte lëvizja nacionaliste, disa nga anëtarët e të cilëve kishin mbështetur të dy forcat okupuese italiane dhe naziste dhe tjetra ishte e orientuar ndaj lëvizjes komuniste dhe luftoi me partizanët e Titos. Megjithatë, të dyja trendet mbështetën në përgjithësi një formë bashkimi me Shqipërinë. Sundimi serb i udhëhequr nga Josip Tito, Sekretari i Përgjithshëm i Partisë Komuniste Jugosllave, u formalizua me një votim në favor të “aneksimit të Serbisë federale” nga Këshilli Rajonal i Kosovës, një organ i pazgjedhur, në Prizren, në korrik 1945. Vetëm 33 nga 142 Anëtarët e këtij këshilli ishin shqiptarë. Opozita nacionaliste kosovare ndaj sundimit serb dhe komunistëve vazhdoi, duke përfshirë veprimet e armatosura nga Shaban Polluzha, një komandant partizan shqiptar. Kjo rezistencë rezultoi në një numër të madh vrasjesh, numrat e saktë të të cilëve janë të diskutueshme nga historianët.
Pas dëbimit të pushtuesve nazifashistë, në Kosovë dhe në viset e tjera shqiptare depërtuan njësitet partizane sërbe, malazeze dhe maqedone, të cilat ushtruan dhunë ndaj popullsisë shqiptare. Gjenocidi sërb në Kosovë u intensifikua që nga vjeshta e vitit 1944. Këtë dhunë e kundërshtoi populli shqiptar nën udhëheqjen e Shaban Polluzhës. Shqiptarët nuk u lejuan të jetonin në një shtet të përbashkët, madje edhe brenda Jugosllavisë mbetën të ndarë në katër njësi. Kosova u fut dhunshëm si krahinë autonome në kuadër të Sërbisë, e cila gjatë gjithë kohës vazhdoi të ushtronte dhunë dhe terror ndaj popullsisë shqiptare. Më 8 shkurt 1945, me pretekst të shuarjes së kundërrevolucionit, Tito vendosi administrimin ushtarak në Kosovë në krye me Sava Drljević. Më pas terrori e gjenocidi u intensifikuan në Drenicë, ku gjatë pranverës së vitit 1945 njësitet partizane jugosllave vranë 4 mijë shqiptarë. Më 1 prill 1945 në Tivar u vranë dhe u hodhën në det mijëra shqiptarë ushtarë të mobilizuar. Si rrjedhojë e administrimit ushtarak dhe terrorit e gjenocidit sërbo-malazez e maqedon, në Kosovë gjatë kësaj kohe u likuiduan rreth 45 mijë shqiptarë. Më 8-10 korrik 1945 në Prizren, organet shtetërore e partiake të Jugosllavisë e të Kosovës (që ishin në duar të kuadrove sërbo-malazeze) organizuan Konferencën e Këshillit Nacional-Çlirimtar të Kosovës, ku u imponua rezoluta për aneksimin e Kosovës prej Sërbisë federale në kuadër të Jugosllavisë. Ata që e kundërshtuan këtë rezolutë, u likuiduan ose u dënuan me burgje shumëvjeçare.
[Rexhepi, Fehmi dhe Frashër Demaj. Historia 5. Prishtinë: Libri Shkollor, 2013, faqe 85-98; Rexhepi, Fehmi. Historia 9. Libri Shkollor, 2013, faqe 110-123, 156-174; Bajraktari, Jusuf, Fehmi Rexhepi dhe Frashër Demaj. Historia 10. Prishtinë: Libri Shkollor, 2011, faqe 154-157 dhe 193-199; Rexhepi, Fehmi dhe Frashër Demaj. Historia 11. Prishtinë: Libri Shkollor, 2013, faqe 159-163 dhe 208-211.]
Sërbia territorialisht është formësuar në vitin 1945 me bashkimin e disa rretheve të Sanxhakut të ndarë dhe me inkorporimin e Vojvodinës e të Kosovës dhe të Metohisë në përbërjen e vet me statuse të veçanta. Sërbia ka marrë formën definitive nga mesi i vitit 1945, kur Vojvodina është bërë krahinë autonome, kurse Kosova ka marrë një shkallë më të ulët të autonomisë. Pas qetësimit të gjendjes në Kosovë, heqjes së administrimit (pushtetit) ushtarak dhe në kohën e bashkëpunimit gjithnjë më të madh me Shqipërinë, Kuvendi Popullor i Krahinës së Kosovës dhe Metohisë miratoi në Prizren (më 9 e 10 korrik 1945) Rezolutën me të cilën u shfaq dëshira e delegatëve për aneksimin e kësaj krahine nga Sërbia federale. Sërbia u bë e vetmja njësi federale në të cilën u formuan njësi autonome, megjithëse shkaqe të njëjta ose të ngjashme ekzistonin për konstituimin e autonomive edhe në njësitë e tjera federale. Kushtetuta e vitit 1946 parashihte mundësinë e konstituimit të njësive të tjera, por ato në praktikë nuk u formuan.
[Đurić, Đorđe dhe Momčilo Pavlović. Istorija 8. Beograd: Zavod za udžbenike, 2010, faqe 137; Đurić, Đorđe dhe Momčilo Pavlović. Istorija 3. Beograd: Zavod za udžbenike, 2010, faqe 208, 235, 243, 245, 248>.]
Për krimet e shqiptarëve, kryesisht ndaj fshatrave të banuara me sërbë, për t’i larguar kolonët e për t’i kthyer pronat e konfiskuara gjatë periudhës mes dy luftërave botërore, shifrat e të dëbuarve sërbë e malazezë nga Kosova në këtë periudhë luhaten nga 30 mijë në 100 mijë, kurse vrasjet, shkatërrimet e vjedhjet, ndonëse reciproke, kanë për viktimë kryesore sërbët dhe malazezët.
Pas kapitullimit të fashistëve italianë në Kosovë dhe vendosjes së nazistëve gjermanë, në rrafshin politik të Kosovës kristalizohen në thelb dy rryma: rryma nacionaliste, e mbështetur nga nazistët gjermanë dhe e organizuar në Lidhjen e Dytë të Prizrenit, që shpall se angazhohet t’i mbajë të bashkuara Kosovën me Shqipërinë; dhe rryma komuniste, e mbështetur kryesisht nga komunistët jugosllavë dhe e organizuar në Këshillin Nacional-Çlirimtar për Kosovë e Metohi, që në Konferencën e Bujanit shpall dëshirën e Kosovës për t’u bashkuar me Shqipërinë, duke sugjeruar të drejtën për vetëvendosje deri në shkëputje. Kishte përleshje të armatosura mes këtyre rrymave.
Pas tërheqjes së trupave gjermane nga Kosova, forcat partizane futen në qytetet e Kosovës Perëndimore, kurse në Kosovën Lindore hyjnë forcat bullgare, të cilave u bashkohen partizanë jugosllavë. Krahas me trupat gjermane largohen nga Kosova edhe pjesa më e madhe e grupeve të armatosura, të krijuara nga Lidhja e Dytë të Prizrenit, duke përfshi këtu pjesëtarët e divizionit SS “Skanderbeg”, të cilët para largimit marrin pjesë në mbledhjen dhe largimin e komunistëve nga Kosova, përfshi edhe një numër hebrejsh. Njësitë partizane sërbo-malazeze dhe maqedone që depërtojnë në Kosovë pas dëbimit të pushtuesve nazifashistë. Por, Noel Malcolm-i që analizon të dhëna nga autorë të ndryshëm, vjen në përfundim se shifra e rreth 45 mijë shqiptarëve të vrarë është e ekzagjeruar.
Edhe partizanët kosovarë ndahen të paktën në dysh: në njërën anë partizanët e prirë nga Shaban Polluzha, që e refuzojnë urdhrin për t’i luftuar trupat gjermane në veri të Jugosllavisë dhe vendosin të qëndrojnë në Kosovë për ta mbrojtë popullatën shqiptare nga partizanët jugosllavë; dhe, në anën tjetër, partizanët e prirë nga Fadil Hoxha, i cili pranon me qenë zëvendës i Savo Drljević-it, komandantit të pushtimit ushtarak jugosllav në Kosovë. Partizanët e Shaban Polluzhës, të përqendruar kryesisht në Drenicë, likuidohen shpejt nga partizanët e Savo Drljević-it, komandant, e të Fadil Hoxhës, zëvendës-komandant, të ndihmuar edhe nga divizione me partizanë nga Shqipëria.
Në Kuvendin e Prizrenit në korrik të vitit 1945 i, u miratua me aklamacion rezoluta për aneksimin e Kosovës nga Sërbia federale, ku veç 33 prej 142 anëtarëve ishin shqiptarë (që ishin pjesë e rrymës komuniste), e madje edhe se anëtarëve të këtij kuvendi me qëllim iu përkujtua se në Kosovë ishin 50.000 trupa të gatshme për t’i mbrojtë frytet e luftës.
Malcolm, Noel. Kosovo – A Short History. London: Pan Macmillan, 2002, faqe 289-334; Schmitt, Oliver. Kosova: histori e shkurtër e një treve qendrore ballkanike. Prishtinë: Koha, 2012, faqe 164-233; Fischer, Bernd. Shqipëria gjatë Luftës, 1939-1945. Tiranë: Çabej, 2000, faqe 124-129; Krieger, Heike (ed.). The Kosovo Conflict and International Law. Cambridge: Cambridge University Press, 2001, 2-8; Surroi, Veton. Fadil Hoxha në vetën e parë. Prishtinë: Koha, 2010, faqe 233-255.